真菌的孢子和菌丝经各种途径进入人体后，都有可能引起过敏反应。具特异体质(特异反应性)的患者(如哮喘、过敏性鼻炎、遗传过敏性皮炎等患者)，更易发生真菌过敏症。由于职业等原因，长期接触或经常暴露于含有大量特殊过敏原环境的正常人中，亦可能发生变态反应。

治疗首先要去除致敏真菌（如治疗有关真菌病，停用致敏抗生素等），使用抗组胺类药物及对症治疗，重者可用肾上腺皮质激素。

在临床上，皮肤和呼吸道为主要反应器官。皮肤表现有过敏性皮炎、湿疹、遗传过敏性皮炎、荨麻疹、痒疹、瘙痒症、癣菌疹（可呈汗疱疹样、湿疹样、丹毒样、多形红斑样、脂溢性皮炎样、银屑病样、玫瑰糠疹样，以至红皮病样等表现，而以汗疱疹最为常见）等；呼吸道表现有哮喘、过敏性鼻炎、农民肺等；后者将于呼吸系统疾病中叙及，在此从略。此外尚有胃肠道、神经系统（如周期性偏头痛）的过敏反应等。

真菌如同其他微生物，在变态反应的发生中有其一定规律性，但因其菌体大，细胞壁富有多糖体，有较复杂的代谢过程和酶系统以及潜在的抗原性等，故又与细菌和病毒不同。其对机体的致敏与下列因素有关：①菌种类别，变应原较强的如曲霉、链格孢等，易致过敏；②孢子的抗原性较菌丝强；③个体的敏感体质也起重要作用。

最有效措施是寻找出过敏诱发因子，避免再接触这种物质。但要在2万种不同的诱发因子中准确地找到致病的因子，不是件容易的事情。为检测一种物质的致敏反应，医生需要做各种不同的皮肤测试，费时费事。更因为许多致敏物质是不可以完全避的，比如药物和昆虫等防不胜防。

有过敏体质的朋友在体质调理前后，虾、蟹、贝类及冰冷饮料、食品须尽量避免，以免症状复发，影响治疗的效果，并且须注意避免过敏原的刺激，平时多加运动，放松身心以增强免疫力，过敏体质必定会有显著的改善。

主要与其他原因引起的过敏反应性疾病相鉴别。

继发性细菌或真菌性角膜感染等并发症。